AB üyesi her ülke 6 ay süresince Avrupa Konseyi başkanlığını üstlenmektedir. Konsey toplantılarını dönem başkanlığını yürüten ülkenin organize ettiği gibi, konsey toplantılarını da bu ülkenin başkanı yönetir.(2007 ilk dönem AB Konseyi Başkanı Almanya-Angela Merkel’dir. 2007 ikinci dönem başkanlığı da Portekiz üstlenecektir.)